Работодатели сказали, что недостача в кассе 3 тысячи

Добрый день.

Нет. В данном случае нарушителем является работодатель.

Не оформляет надлежащим образом документы с работником, не доплачивает налоги в бюджет, Вы работаете сверхурочно и скорее всего без дополнительной оплаты за это. 

Сообщите работодателю, что пожалуетесь на его незаконные действия в трудовую инспекцию, прокуратуру ив налоговую. И вопрос с недостачей думаю быстро разрешится после этого.

Ничего вам не будет, работодатель вам пугает просто. Можете сами вызвать полицию и в ГИТ пожаловаться на него. Если есть подтверждения вашей работы в этой организации, то его накажут.