Хочу в паспорт РФ внести отчество, могу ли в будущем столкнуться с проблемами из за того, что в свидетельстве не будет отчества а в паспорте оно будет стоять?

Здравствуйте, уважаемый Григорий!

Вам необходимо иметь ввиду важный момент:

Приказ МВД России от 16.11.2020 N 773 «Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации» 

В случае предоставления заявителем в качестве основания для выдачи или замены паспорта документов, в которых отсутствуют сведения об отчестве, реквизит «Отчество» может быть заполнен на основании документов, содержащих сведения об имени отца заявителя. При отсутствии последних реквизит «Отчество» не заполняется.

Есть ли у Вас такие документы-а в свидетельстве о рождении сведение о имени отца есть-внесут реквизит «Отчество».

могу ли в будущем столкнуться с проблемами из за того, что в свидетельстве не будет отчества а в паспорте оно будет стоять?

Нет, проблем у Вас не возникнет. Документом, удостоверяющим Вашу личность будет являться паспорт гражданина РФ. Все юридически значимые действия Вы будете осуществлять с ним. 

Поэтому если хотите, чтобы отчество было указано в паспорте гражданина РФ- действуйте.

С уважением, Пархоменко Вадим Николаевич