Здравствуйте, подскажите куда обратиться то что военному уже три месяца не выплачивают за жильё и выплачивают не полную заработную плату?

Можно написать жалобу в военную прокуратуру, приложить документы.

Военным выплачивают денежное довольствие. Видимо, вы супруга военнослужащего, которой это надоело))) Но не суть.
Обычно, эти выплаты все таки выплачивают в итоге, надо просто подождать.
Самый разумный вариант — написать на имя командира части рапорт о выплате материальной помощи в связи с тяжелым материальным положением. В рапорте изложите суть проблемы, укажите — какие расходы несете ежемесячно, что муж стоит перед угрозой расторжения брака в связи с тем, что государством не исполняются социальные гарантии по отношении к военнослужащему. Попросите сумму, равную вашим тратам. Командир части имеет право организовывать такие выплаты.
Если уж вас совсем игнорируют — вам прямая дорога в военную прокуратуру и суд. Но гораздо лучше будет туда обращаться, уже получив отказ в оказании материальной помощи.