Руководитель говорит что не может меня уволить, надо переводиться в другой филиал, и там писать заявление и отрабатывать две недели

Здравствуйте, 

Принудительный труд в РФ запрещен (ст. 4 ТК РФ). 

Работодателем является не филиал, а юридическое лицо (ст. 20 ТК РФ)

Филиал это место работы, указанное в трудовом договоре (ст. 57 ТК РФ) 

В случае, когда работник принимается для работы в филиале, представительстве или ином обособленном структурном подразделении организации, расположенном в другой местности, — место работы с указанием обособленного структурного подразделения и его местонахождения;

Вы вправе в любое время расторгнуть трудовой договор по собственному желанию, предупредив работодателя за 14 дней. Заявление направляете работодателю в письменной форме (с возможностью фиксации даты). 

Инна, добрый день. Конечно нет. Вам достаточно будет уведовить в письменном виде своего работодателя за две недели о желании расторгнуть трудовой договор.
По истечении срока предупреждения об увольнении с работу Вы можете не выходить на работу. В последний день работы Вам обязаны вернуть трудовую книжку.
Если будут вопросы, то пишите.