И в каком размере должден работодатель оплачивать?

Здравствуйте!

Для более объективной консультации по Вашему вопросу необходимо более подробная информация. Например, оформлены ли Вы официально? Каким образом вводился режим увеличения продолжительности вахты, так как в принципе увеличение вахты до 3-х месяцев допускается трудовым кодексом, но в исключительных случаях.

ТК РФ Статья 299. Продолжительность вахты

Вахтой считается общий период, включающий время выполнения работ на объекте и время междусменного отдыха.
Продолжительность вахты не должна превышать одного месяца. В исключительных случаях на отдельных объектах продолжительность вахты может быть увеличена работодателем до трех месяцев с учетом мнения выборного органа первичной профсоюзной организации в порядке, установленном статьей 372 настоящего Кодекса для принятия локальных нормативных актов.

Увеличение оплаты, при увеличении продолжительности вахты до 3-х месяцев при этом не происходит. Применяются нормы, предусмотренные ст.302 ТК РФ:

ТК РФ Статья 302. Гарантии и компенсации лицам, работающим вахтовым методом

 
Лицам, выполняющим работы вахтовым методом, за каждый календарный день пребывания в местах производства работ в период вахты, а также за фактические дни нахождения в пути от места нахождения работодателя (пункта сбора) до места выполнения работы и обратно выплачивается взамен суточных надбавка за вахтовый метод работы.
(в ред. Федеральных законов от 30.06.2006 N 90-ФЗ, от 02.04.2014 N 55-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Размер и порядок выплаты надбавки за вахтовый метод работы в федеральных государственных органах, федеральных государственных учреждениях устанавливаются нормативными правовыми актами Правительства Российской Федерации.
(часть вторая в ред. Федерального закона от 02.04.2014 N 55-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Размер и порядок выплаты надбавки за вахтовый метод работы в государственных органах субъектов Российской Федерации, государственных учреждениях субъектов Российской Федерации, органах местного самоуправления, муниципальных учреждениях устанавливаются соответственно нормативными правовыми актами органов государственной власти субъектов Российской Федерации, нормативными правовыми актами органов местного самоуправления.
(часть третья в ред. Федерального закона от 02.04.2014 N 55-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Размер и порядок выплаты надбавки за вахтовый метод работы у других работодателей устанавливаются коллективным договором, локальным нормативным актом, принимаемым с учетом мнения выборного органа первичной профсоюзной организации, трудовым договором.
(в ред. Федеральных законов от 30.06.2006 N 90-ФЗ, от 02.04.2014 N 55-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Работникам, выезжающим для выполнения работ вахтовым методом в районы Крайнего Севера и приравненные к ним местности из других районов:
устанавливается районный коэффициент и выплачиваются процентные надбавки к заработной плате в порядке и размерах, которые предусмотрены для лиц, постоянно работающих в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях;
предоставляется ежегодный дополнительный оплачиваемый отпуск в порядке и на условиях, которые предусмотрены для лиц, постоянно работающих:
в районах Крайнего Севера, — 24 календарных дня;
в местностях, приравненных к районам Крайнего Севера, — 16 календарных дней.
В стаж работы, дающий право работникам, выезжающим для выполнения работ вахтовым методом в районы Крайнего Севера и приравненные к ним местности из других районов, на соответствующие гарантии и компенсации, включаются календарные дни вахты в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях и фактические дни нахождения в пути, предусмотренные графиками работы на вахте. Гарантии и компенсации работникам, выезжающим для выполнения работ вахтовым методом в районы Крайнего Севера и приравненные к ним местности из тех же или других районов Крайнего Севера и приравненных к ним местностей, устанавливаются в соответствии с главой 50настоящего Кодекса.
(часть шестая в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Работникам, выезжающим для выполнения работ вахтовым методом в районы, на территориях которых применяются районные коэффициенты к заработной плате, эти коэффициенты начисляются в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

За каждый день нахождения в пути от места нахождения работодателя (пункта сбора) до места выполнения работы и обратно, предусмотренные графиком работы на вахте, а также за дни задержки в пути по метеорологическим условиям или вине транспортных организаций работнику выплачивается дневная тарифная ставка, часть оклада (должностного оклада) за день работы (дневная ставка).

Если увеличение продолжительности вахты работодателем было проведено надлежащим образом, то отказ от работы для Вас действительно может повлечь увольнение, в связи с прогулом.

Удачи Вам!