Правомерно ли мне отказали в оформлении автомобиля?

Виктор!

Сам по себе отказ в регистрации может быть обжалован в порядке подчинённости либо в суде, но можно также воспользоваться положениями нового документа:

Утверждены
постановлением Правительства
Российской Федерации
от 21 декабря 2019 г. N 1764
 
ПРАВИЛА
ГОСУДАРСТВЕННОЙ РЕГИСТРАЦИИ ТРАНСПОРТНЫХ СРЕДСТВ
В РЕГИСТРАЦИОННЫХ ПОДРАЗДЕЛЕНИЯХ ГОСУДАРСТВЕННОЙ ИНСПЕКЦИИ
БЕЗОПАСНОСТИ ДОРОЖНОГО ДВИЖЕНИЯ МИНИСТЕРСТВА ВНУТРЕННИХ
ДЕЛ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
 

В нём есть такой пункт:

18. При обнаружении признаков подделки представленных документов, государственных регистрационных знаков, изменения или уничтожения маркировки, нанесенной на транспортные средства организациями-изготовителями, а также при наличии сведений о нахождении транспортных средств или основных компонентов транспортных средств (кузов, кабина, рама) в розыске либо представленных документов — в числе похищенных орган внутренних дел осуществляет проверку в порядке, установленном законодательством Российской Федерации.
В этих случаях регистрационные действия производятся по окончании проверок, осуществляемых органами внутренних дел, а в отношении транспортных средств с измененной (уничтоженной) маркировкой — после нанесения дополнительной маркировки.

Таким образом, есть возможность нанесения дополнительной маркировки на транспортное средство, а достоверную информацию относительно порядка нанесения номеров на двигатель (в случае обжалования принятого решения) лучше получить у завода-изготовителя транспортного средства, чтобы были основания требовать осуществления регистрационных действий.

Если Вам необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные.
Всего доброго!