Имеет ли право прапорщик не становиться на ипотечную систему накопления и стать на субсидирование?

Здравствуйте, Евгений! Вас обманывают, потому что не знают закона или неправильно его читают.

ФЗ-117 статья 9:

1. К участникам накопительно-ипотечной системы относятся следующие военнослужащие:

3) прапорщики и мичманы, общая продолжительность военной службы по контракту которых составит три года начиная с 1 января 2005 года, при этом указанные лица, которые заключили первые контракты о прохождении военной службы до 1 января 2005 года и общая продолжительность военной службы по контракту которых по состоянию на 1 января 2005 года составляла не более трех лет, могут стать участниками, изъявив такое желание;

Далее там же:

2. Основанием для включения военнослужащего федеральным органом исполнительной власти или федеральным государственным органом, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, в реестр участников является:

3) для прапорщиков и мичманов, заключивших первый контракт о прохождении военной службы после 1 января 2005 года, — общая продолжительность их военной службы по контракту три года;

И это не в звании прапорщика три года, а общей продолжительности службы.

Иначе теряется смысл такой ипотеки, например за один за двадцать лет ипотеки получит 5-6 млн., а другой за 5 лет — 1 млн.

Вы, в силу подпункта 3 пункта 1 статьи 9 не можете быть участником НИС, т.к. на 2015 год не являлись прапорщиком.

Ничего не подписывайте, а если будут настаивать — обращайтесь в прокуратуру.

И напишите рапорт командиру, что Вы не желаете быть участником НИС.