Что делать, если наша сотрудница беременная?

Елена,

выплачивайте все, что положено, в любом случае ФСС вам возместит расходы.

Федеральный закон от 19.05.1995 N 81-ФЗ (ред. от 29.12.2015) «О государственных пособиях гражданам, имеющим детей» гарантирует следующее:
в соответствии со ст. 3. следующие виды государственных пособий:
— пособие по беременности и родам (Это детское пособие выплачивается женщинам, находящимся в отпуске по беременности и родам. Пособие выплачивается суммарно за весь период отпуска. Для работающих женщин размер пособия по беременности и родам составляет 100% от среднего заработка)
— единовременное пособие женщинам, вставшим на учет в медицинских организациях в ранние сроки беременности (Данное единовременное детское пособие могут получить женщины, вставшие на учет в медицинском учреждении при сроке беременности до 12 недель. Размер пособия с 1 февраля 2016 года составляет 581,73 )
— единовременное пособие при рождении ребенка (Пособие при рождении ребенка выплачивается одному из родителей. Выплата производится либо работодателем по месту работы, либо органами ФСС по месту жительства. Размер этого детского пособия с 1 февраля 2016 года составляет 15 512,65 р)
— ежемесячное пособие по уходу за ребенком (Это детское пособие выплачивается одному из родственников, который фактически осуществляет уход за ребенком. Размер пособия составляет 40% от среднего заработка. При работе во время отпуска по уходу за ребенком на условиях неполного рабочего времени или на дому право на пособие на ребенка)

Статья 4. Средства на выплату государственных пособий гражданам, имеющим детей
Выплата государственных пособий гражданам, имеющим детей, производится за счет:

средств Фонда социального страхования Российской Федерации в виде пособия по беременности и родам, единовременного пособия женщинам, вставшим на учет в медицинских организациях в ранние сроки беременности, единовременного пособия при рождении ребенка, ежемесячного пособия по уходу за ребенком лицам, подлежащим обязательному социальному страхованию на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством;