Как всё это сделать юридически правильно?

Здравствуйте.

Как обычно делают? 

Обычно просто передают на материальном носителе — например, на флешке. Дополнительно — да, можно указать ссылку, где хранятся файлы (но тогда передаётся и доступ к ресурсу).

Условие в акте указывается примерно такое:

1. Соавторы создали программные компоненты (далее — Программа), соответствующие характеристикам и Техническому заданию, являющемуся неотъемлемой частью Договора авторского заказа на создание программы ЭВМ от "___"___________ ____ г. N _____ (далее — Договор), и передали  Заказчику Программу и исключительное право на Программу (вариант: право использования Программы) на условиях Договора. 2. Программа передается Заказчику на материальном носителе: ________________________________.

Это если договор авторского заказа был (ст. 1288 ГК РФ).

Статья 1288 ГК РФ Договор авторского заказа

1. По договору авторского заказа одна сторона (автор) обязуется по заказу другой стороны (заказчика) создать обусловленное договором произведение науки, литературы или искусства на материальном носителе или в иной форме.

Здравствуйте

А сейчас договор хоть какой то подписан с ними? 

Обычно подписывают договор авторского заказа в такой ситуации по ст 1288 ГК с указанием на передачу исключительных прав. 

Здравствуйте.

Стоит обратить Ваше внимание на то, что авторские права неотчуждаемы и не могут быть кому-либо переданы (ст. 1255 ГК РФ). Передавать можно и нужно в таких случаях исключительное право на результат интеллектуальной деятельности (РИД). Указанная передача оформляется либо отдельным договором, либо дополнительным соглашением к уже существующему договору. 

Как всё это сделать юридически правильно?

 Тут надо отметить, что ГК РФ содержит два типа договоров:

— договор авторского заказа (ст. 1288 ГК РФ) – здесь исполнителем является гражданин (физическое лицо), творческим трудом которого создано ПО

и

— договор заказа (ст. 1296 ГК РФ) – когда исполнителем по договору заказа является не автор (физическое лицо), а работники ИП или юридического лица.

Соответственно в одном из этих договоров должно быть определено, что исключительное право переходит к заказчику в момент сдачи работ по договору. При этом собственно акт передачи ПО не требуется. Права на ПО и так принадлежат заказчику или исполнителю – в зависимости от условий договора (п. 1 ст. 1296 ГК РФ). Требований закона по оформлению актов в случае приобретения прав нет.

Ввиду этого если в договоре нет условия о передаче исключиельного права, его следует дополнить соответствующим пунктм, поскольку в отсутствии такого пункта передачи исключительного права не будет и исполнитель останется его обладателем со всеми вытекающими отсюда негативными последствиями.

Как обычно делают? Распечатывают весь код в бумажном виде (доп приложение какое-то) или есть какие-то иные варианты?

 Если в договоре у Вас четоко определен предмет и процедура пиемки-сдачи работ, то ничего такого не нужно.

Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией.