Это считается как предоставление услуг и поэтому не возвращается?

Здравствуйте Марина, в соответствие с ч. 1 ст. 333.16 Налогового кодекса Российской Федерации,

Государственная пошлина — сбор, взимаемый с лиц, указанных в статье 333.17 настоящего Кодекса, при их обращении в государственные органы, органы местного самоуправления, иные органы и (или) к должностным лицам, которые уполномочены в соответствии с законодательными актами Российской Федерации, законодательными актами субъектов Российской Федерации и нормативными правовыми актами органов местного самоуправления, за совершением в отношении этих лиц юридически значимых действий, предусмотренных настоящей главой, за исключением действий, совершаемых консульскими учреждениями Российской Федерации.

Государственная пошлина оплачивается в Управление Федерального казначейства региона где Вы сдавали на права, при этом не важно в каком отделении ГИБДД Вы сдавали. С учетом информации, представленной Вами в вопросе Вы оплатили госпошлину и сдали теорию, затем снова оплатили туже госпошлину и сдали вождение без сдачи теории, при этом Вам была оказана одна государственная услуга. Данное обстоятельство позволяет Вам обратиться в региональное УФК (получатель платежа) с заявлением о возврате излишне уплаченной госпошлины. 

Надеюсь, что мой ответ помог Вам.
При необходимости связаться со мной Вы можете зайти в мой профиль, а далее кликнув на кнопку «Сообщение юристу» либо «Обратиться к юристу» написать мне личное сообщение.
Рад был помочь.