Потом документы подтверждающие право собственности или потребовать подать декларацию?

Юлия, здравствуйте!

Ваш вариант весьма интересен, но как Вы собираетесь вести бух учет по продаже автотранспортного средства в случае продажи задним числом — три года назад? Как будете отчитываться (подавать декларации) по НДС и налогу на прибыль, если с момента продажи прошли три года? 

ооо платило транспортный налог все это время

Юлия

Это также весьма существенно. Зная, что автомобиль продан, ООО продолжает платить транспортный налог, не пытаясь снять с учета автомобиль. И Вы этот налог учитывали в расходах в целях уплаты налога прибыль?

Кроме этого, наверняка составляли путевые листы на данное ТС.

Или предложите свой вариант

Юлия

Есть встречный вопрос: если физ лицо планирует продать ТС, то может стоит сразу продавать этому третьему лицу?

Если это невозможно по какой-то причине, то действовать по Вашему варианту не рекомендую. Продавайте как есть, сейчас, не задним числом. Физ лицу, конечно, придется уплатить НДФЛ, если он продаст ранее трех лет владения ТС, но с разницы между продажной стоимостью и покупной согласно пп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ

вместо получения имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 1 настоящего пункта налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.

Имеет ли право ифнс запросить у ф.л. потом документы подтверждающие право собственности или потребовать подать декларацию?

Юлия

Налоговая это может. Например, в порядке ст. 93.1 НК РФ.