Как должен поступить специалист по закупкам в данном случае?

Здравствуйте, Надежда. На основании ст. 450 гк рф Вы можете внести изменения в договор, заключив новое соглашение, согласно которому исключить ненужные работы.

Добрый день! Согласно ч. 2 ст. 2 Закона 223-ФЗ Вы вправе вносить изменения в договор если это не противоречит вашему положению о закупке и условиям самого договора.

Согласно ст. 4 Закона  223 -ФЗ в  случае, если при заключении и исполнении договора изменяются количество, объем, цена закупаемых товаров, работ, услуг или сроки исполнения договора по сравнению с указанными в итоговом протоколе, не позднее чем в течение десяти дней со дня внесения изменений в договор в единой информационной системе размещается информация об изменении договора с указанием измененных условий.

10.06.2020 было подготовлено дополнительное соглашение и размещено на сайте в реестре договоров. Но через два дня подрядчик решил, что не будет выставлять заказчику отдельные акты выполненных работ и сделает перенос объекта за свой счет, о чем и сообщает своим письмом. 

Так как заключенное дополнительное соглашение к договору по соглашению сторон не подлежит исполнению, то  его целесообразно отменить, заключив другое соглашение об изменении цены и объема выполняемых по договору работ.

В соответствии со ст. 452 ГК РФ 

 Соглашение об изменении или о расторжении договора совершается в той же форме, что и договор.

Как должен поступить специалист по закупкам в данном случае ?

Должен посоветовать уполномоченному должностному лицу Заказчика заключить соглашение к договору об изменении условий договора, и в дальнейшем разметить его в ЕИС, в порядке и сроки, установленные ст. 4 Закона 223-ФЗ.