По какой причине может происходить такое?

Здравствуйте, Анастасия.

К сожалению, чтобы точно знать, что за удержание произведено (вернее — перерасчет), нужно видеть учетную политику Вашего работодателя, Положение об оплате труда и премировании (иной подобный ЛНА), расчетные листки за предыдущие месяцы, включая расчетный листок, который должны были выдать при увольнении, трудовые договоры (1 и 2-й).

При этом вообще не понятно, зачем производилось увольнение вместо нормального перевода. Разве что с целью каким-то образом уменьшить объем гарантий, связанных, например, со стажем работы по одному трудовому договору.

Само собой, что изучение такого объема документов не может производится в рамках бесплатной консультации.

Пока что усматривается, что расчетный листок не содержит полной информации за оба периода работы (01-13.11.19, то есть до даты увольнения и  14.11 -15.11.19 — после даты увольнения), либо она не дифференцирована. Премия начислена за октябрь 2019, значит, она не может быть начислена за период после второго приема на работу, т.к. в октябре Вы работали только по первому трудовому договору.

Каким образом по премии за отработанный полностью период может быть удержан некий «аванс» даже не могу представить. Возможно, у Вас какая-то система начисления премий, которая предполагает начисление за каждый месяц одинаковой суммы, а потом в конце года или при увольнении сумма корректируется.

Полагаю, Вам все-таки лучше обратиться с запросом в свою бухгалтерию и просить разъяснить порядок начисления и удержания спорных сумм со ссылками на ЛНА работодателя.