В какие сроки должны были оплатить больничный при моем выходе в декрет?

Согласно части 8 статьи 13 Федерального закона от 29.12.2006 N 255-ФЗ «Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством» работодатель осуществляет выплату пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячного пособия по уходу за ребенком застрахованному лицу в порядке, установленном для выплаты застрахованным лицам заработной платы.
Заработная плата выплачивается не реже чем каждые полмесяца в день, установленный правилами внутреннего трудового распорядка, коллективным договором, трудовым договором (часть 6 статьи 136 Трудового кодекса Российской Федерации).

Уходить или нет в отпуск по беременности и родам, женщина решает сама (ч. 1 ст. 255 ТК РФ). Следовательно, она может не обращаться в медицинское учреждение за листком нетрудоспособности либо не представлять его работодателю и не оформлять отпуск по беременности и родам, а продолжать работать. За все дни работы работодатель обязан выплачивать ей заработную плату в соответствии с трудовым договором (абз. 7 ч. 2 ст. 22 ТК РФ).
Если работница решит воспользоваться своим правом на отпуск по беременности и родам позднее даты, с которой она, согласно больничному, освобождена от работы, то работодатель обязан будет его предоставить со дня, указанного в ее заявлении, до дня закрытия больничного. Перенесение срока окончания отпуска в данном случае законодательством не предусмотрено (Решение Верховного Суда РФ от 14.11.2012 N АКПИ12-1204).
С первого дня отпуска по беременности и родам и до дня закрытия листка нетрудоспособности работнице будет выплачиваться соответствующее пособие (ст. 2.1, ч. 1 ст. 13 Федерального закона от 29.12.2006 N 255-ФЗ).