Можно ли учесть сумму переплаты при оплате заказа другой организации?

Марина!

С формальной точки зрения в данном случае у организации — поставщика возникли обязательства перед одной организацией — плательщиком, а у плательщика осталось право требования исполнения в счёт переплаты. Глава 24 Гражданского Кодекса РФ допускает перемену лиц в обязательствах, но необходимо, чтобы организация — первый плательщик подтвердила (желательно — письменно), что ею передано право требовать исполнения от  поставщика либо что она иным образом согласна не требовать обратно переплату.

Если Вам необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные.
Всего доброго!