Как проверить правомерность перерасчета транспортного налога за 2014-2015 годы?

День добрый, Михаил!

Ст. 362 НК РФ предусмотрено

Сумма налога, подлежащая уплате налогоплательщиками — физическими лицами, исчисляется налоговыми органами на основании сведений, которые представляются в налоговые органы органами, осуществляющими государственную регистрацию транспортных средств на территории Российской Федерации.
В соответствии со ст. 363 НК РФ

«Уплата налога и авансовых платежей по налогу производится налогоплательщиками в бюджет по месту нахождения транспортных средств».

При этом местом нахождения транспортных средств по п. 5 ст. 83 признается «место нахождения (жительства) собственника имущества».

<Письмо> ФНС России от 07.11.2013 N БС-4-11/19977 «О транспортном налоге» (вместе с <Письмом> Минфина России от 29.10.2013 N 03-05-04-04/45850)

В соответствии с подпунктом 2 пункта 5 статьи 83 Кодекса в редакции Федерального закона от 23 июля 2013 г. N 248-ФЗ «О внесении изменений в часть первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации и некоторые другие законодательные акты Российской Федерации, а также о признании утратившим силу отдельных положений законодательных актов Российской Федерации» (далее — Федеральный закон N 248-ФЗ) в целях учета организаций и физических лиц в налоговых органах местом нахождения транспортных средств, не указанных в подпункте 1 названного пункта, признается место нахождения (жительства) собственника имущества.
Налоговый орган сделал всё правильно, ведь он не знает, что у вас временная регистрация там, проживаете там.

Вам нужно собрать все документы, копии квитанций об уплате налогов в Анадыре, копии свидетельств о регистрации и написать в ФНС по месту постоянной регистрации письмо о том, что вы преимущественно проживаете в Анадыре и ТС эксплуатируете в Анадыре и налоги платите в Анадыре.

Можно это сделать через сайт налоговой с приложением сканов документов.