Как я могу оформить квартиру в собственность?

Можете. Нужно только доказать, что третий наследний не вступил в наследство, либо от него отказался.

ГК РФ Статья 1161. Приращение наследственных долей
 
1. Если наследник не примет наследство, откажется от наследства, не указав при этом, что отказывается в пользу другого наследника (статья 1158), не будет иметь права наследовать или будет отстранен от наследования по основаниям, установленным статьей 1117 настоящего Кодекса, либо вследствие недействительности завещания, часть наследства, которая причиталась бы такому отпавшему наследнику, переходит к наследникам по закону, призванным к наследованию, пропорционально их наследственным долям.
Однако в случае, когда наследодатель завещал все имущество назначенным им наследникам, часть наследства, причитавшаяся наследнику, отказавшемуся от наследства или отпавшему по иным указанным основаниям, переходит к остальным наследникам по завещанию пропорционально их наследственным долям, если только завещанием не предусмотрено иное распределение этой части наследства.
2. Правила, содержащиеся в пункте 1 настоящей статьи, не применяются, если наследнику, отказавшемуся от наследства или отпавшему по иным основаниям, подназначен наследник (пункт 2 статьи 1121).

Добрый день. Только в судебном порядке.  В иске надо ссылаться на то, что третий наследник не вступил в наследство ( в вашем случае так, ведь он не отказывался, просто не вступил). Если третий наследник вдруг после подачи вами иска  в суд объявится и будет претендовать на свою долю в квартире, то ему уже надо будет доказывать уважительность причин пропуска срока на вступление в наследство. А это очень трудно доказать, так как он в течение пяти лет не вступал в наследство. При обращении в суд учитывайте такой момент.