Буду ли я платить налог 13 % с продажи недвижимости в собственности менее 3 лет дешевле стоимости покупки?

Владимир, все зависит от того сохранились ли у Вас документы, подтверждающие фактически произведенные Вами расходы, связанные с приобретением квартиры или нет.

В случае если документы сохранились, то сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, будет равна нулю. Поскольку полученный доход от продажи квартиры Вы в соответствии с пп .2 п .2 ст .220 НК РФ вправе уменьшить на сумму, за которую квартира была приобретена.
Если же документы, подтверждающие понесенные расходы на покупку квартиры, у вас не сохранились, то вы вправе уменьшить сумму полученного дохода от продажи квартиры, на предоставляемый, в соответствии с пп .1 п .2 ст .220 НК РФ, имущественных налоговый вычет в сумме 1 млн. руб. Поскольку доход от продажи квартиры будет превышать 1 млн руб., то с разницы между этими суммами необходимо будет уплатить налог.

Сумма налога в этом случае будет рассчитываться следующим образом: 1500 000 — 1000 000 = 500 000 руб. (налоговая база). 500 000*13% = 65 000 руб. (сумма налога)

При этом, в соответствии с п. 2 ст. 228, п. 1 ст. 229 НК РФ вне зависимости от наличия (отсутствия) суммы налога подлежащего к уплате в бюджет Вы должны не позднее 30 апреля года, следующего за истекшим годом, в котором был получен доход от продажи квартиры, представить в налоговую инспекцию по месту своего учета налоговую декларацию (п. 2 ст. 228, п. 1 ст. 229 НК РФ).