В каком случае ООО становится плательщиком НДС?

Евгений,

по умолчанию любое ООО является плательщиком НДС, если не выбран особый налоговый режим при регистрации или вследствие ведения определенного вида деятельности.

Если ООО заключает лицензионный договор с иностранной компанией, то НДС при выплате лицензионных платежей не удерживается и не уплачивается.

ст. 149 НК РФ
2. Не подлежит налогообложению (освобождается от налогообложения) реализация (а также передача, выполнение, оказание для собственных нужд) на территории Российской Федерации:
26) исключительных прав на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, программы для электронных вычислительных машин, базы данных, топологии интегральных микросхем, секреты производства (ноу-хау), а также прав на использование указанных результатов интеллектуальной деятельности на основании лицензионного договора;