Как правильно рассчитать налог с продажи части жилого дома и земельного участка?

Нет, собственность оформлена в 2016 году.

Тогда будет учитываться кадастровая стоимость, и только в отношении земельного участка, так как законом это четко предусмотрено. Если стоимость не определена, это правило не применяется, то есть налог будет исчислен с суммы, указанной в договоре купли-продажи.

Статья 217.1. Особенности освобождения от налогообложения доходов от продажи объектов недвижимого имущества
5. В случае, если доходы налогоплательщика от продажи объекта недвижимого имущества меньше, чем кадастровая стоимость этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на продаваемый объект недвижимого имущества, умноженная на понижающий коэффициент 0,7, в целях налогообложения налогом доходы налогоплательщика от продажи указанного объекта принимаются равными кадастровой стоимости этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на соответствующий объект недвижимого имущества, умноженной на понижающий коэффициент 0,7.
В случае, если кадастровая стоимость объекта недвижимого имущества, указанного в настоящем пункте, не определена по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на указанный объект, положения настоящего пункта не применяются.