Как обезопасить себя при продаже квартиры, если часть средств выплачивается материнским капиталом?

Может ответ Вас удивит, но… на сам договор, на каждый пункт в нём. По большому счёту, если Вы продавец, то Вам бояться нечего — ПФР всё проверит за Вас. Это покупателям надо переживать — им придётся доли детям определять.
Чья квартира? Если куплена во время брака и оформлена на одного супруга, то от второго надо получить наториальное согласие на продажу.