Как вступить в права наследства, если прошло 3,5 года?

я дочь собственника, прямых наследников больше нет, квартира приватизирована на нас двоих

Наталья, значит Вы — наследник первой очереди.

Срок пропущен, его необходимо либо восстанавливать при наличии уважительных причин пропуска, Либо вести речь о фактическом принятии наследства в установленный срок. Это в том случае, если Вы проживаете в квартире, оплачиваете ее, либо приняли иное наследственное имущество.

ГК РФ

Статья 1153. Способы принятия наследства
…
2. Признается, пока не доказано иное, что наследник принял наследство, если он совершил действия, свидетельствующие о фактическом принятии наследства, в частности если наследник:
вступил во владение или в управление наследственным имуществом;
принял меры по сохранению наследственного имущества, защите его от посягательств или притязаний третьих лиц;
произвел за свой счет расходы на содержание наследственного имущества;
оплатил за свой счет долги наследодателя или получил от третьих лиц причитавшиеся наследодателю денежные средства.

В этом случае необходимо обратиться к нотариусу по месту открытия наследства с заявлением о выдаче свидетельства о праве на наследство и приложить документы, подтверждающие фактическое принятие в установленный срок, например, квитанции об оплате.