Двое новых собственников несовершеннолетние и кто это должен делать?

Петр, здравствуйте! Для правильного ответа на ваш вопрос необходимо уточнение по вопросу возраста детей.Дете до 14 лет и дети с 14 лет до 18 лет  наделяются разными правами в сфере гражданско-правовых сделок.Если сособственник малолетний ребёнок до 14 лет, то на все манипуляции от его имени для родителей потребуется разрешение со стороны органов опеки, так как самостоятельно родитель не имеет права сдавать собственность своего ребёнка возраста до 14 лет. Более того, сам он тоже не вправе ничего подписывать. Это будут делать его родители, усыновители или опекуны.В этом случае  заключать договор аренды вам нужно будет с законными представителями малолетнего. Этот документ должен быть также согласован с органами опеки, которые проследят, не нарушаются ли права ребёнка и куда уходит его доход.Деньги за аренду будете с разрешения органов опеки перечислять родителю.Но опека может быть и против.Могут обязать открыть счет на имя данного малолетнего ребенка и вы будете перечислять деньги на его счет, который будет «заморожен» до 18 лет.Продолжу далее.

Добрый день! 

Поскольку в п. 2 ст. 218 ГК РФ установлено, что в случае смерти гражданина право собственности на принадлежавшее ему имущество переходит по наследству к другим лицам в соответствии с завещанием или законом, договор, в связи со смертью арендодателя договор аренды не расторгается (не прекращаются обязательства по нему), так как переход права собственности на сданное в аренду имущество к наследнику арендодателя не является основанием для изменения или расторжения договора (п. 1 ст. 617 ГК РФ).

Весь этот год аренду платил просто этим наследникам на руки

Вы не должны были платить до момента оформления наследства, в таких случаях вносится депозит нотариусу и деньги поступают наследникам уже позже того, как все оформлено.

Вы также не указали срок действия договора и был ли он зарегистрирован. Если срок истек, то, да, нужен новый договор. При этом в нем можно урегулировать вопрос с платил «просто этим наследникам на руки», распространив его действие на отношения сторон возникшие до его заключения.

ГК РФ Статья 425. Действие договора

2. Стороны вправе установить, что условия заключенного ими договора применяются к их отношениям, возникшим до заключения договора, если иное не установлено законом или не вытекает из существа соответствующих отношений.

Возник следующий вопрос как правильно заключить с ними договор аренды, что бы не было проблем у меня, как у арендатора?

Многосторонний договор арены. 

Нужно ли такой договор аренды согласовывать с органами опеки и получать от них разрешение(т.к. двое новых собственников несовершеннолетние) и кто это должен делать?

До 14 лет, да нужно согласие опеки. Согласовывает законный представитель (мать детей). 

ст. 37 СК РФ

2. Опекун не вправе без предварительного разрешения органа опеки и попечительства совершать, а попечитель — давать согласие на совершение сделок по отчуждению, в том числе обмену или дарению имущества подопечного, сдаче его внаем (в аренду), в безвозмездное пользование или в залог, сделок, влекущих отказ от принадлежащих подопечному прав, раздел его имущества или выдел из него долей, а также любых других действий, влекущих уменьшение имущества подопечного.

+ еще нужно согласие на распоряжение доходами подопечного.

С 14 лет подписывает договор несовершеннолетний, но  если есть письменное согласие законных представителей на совершение сделки несовершеннолетними.

Если договор будет без согласования или разрешения от опеки, какие могут быть проблемы у меня(ИП), как арендатора. Можно ли например заключить договор только с матерью, гражданинкой Азербайджана, только на её долю, могут ли быть проблемы от налоговой, опеки или других властей?

Могут и будут. Опека признает сделку ничтожной, налоги должны платиться от имени несовершеннолетних в том числе.