Добрый день Татьяна!
Указание Банка России от 11 марта 2014 г. N 3210-У «О порядке ведения кассовых операций юридическими лицами и упрощенном порядке ведения кассовых операций индивидуальными предпринимателями и субъектами малого предпринимательства» не предусматривает, что организация может быть подотчетным лицом по отношению к работнику.
Если организация имеет задолженности перед директором, то это целесообразно квалифицировать как заемные отношения (ст. 807 Гражданского кодекса РФ) с заключением соответствующего договора.