Как отмечать условно осужденного на работе в день, когда он идет на отметку в полицию?

Здравствуйте, Алексей! В ваашем случае согласно ст.188 УИК РФ- 

Уголовно-исполнительные инспекции осуществляют персональный учет условно осужденных в течение испытательного срока, контролируют с участием работников соответствующих служб органов внутренних дел соблюдение условно осужденными общественного порядка и исполнение ими возложенных судом обязанностей.

Исходя из практики т.н.«отметка» в УИИ занимает минут 15 максимум, но уж никак не целый рабочий день.Не думаю, что будет для вас большой проблемой, если работник задержаится с утра на 15-20 минут

Либо- оформите приказом по заявлению работника неполный рабочий день в день отметки ( например, на 1 час меньше)