Здравствуйте, Евгения!
Согласно требованиям Федерального закона от 29.12.2006 N 256-ФЗ (ред. от 07.03.2018) «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детейматеринский капитал можно направить на приобретение долевой собственности только в 2 случаях:если доля представляет собой изолированное помещение в квартире — одна или несколько комнат; если в результате покупки доли все жилое помещение полностью перейдет в собственность покупателя.
В законе также отсутствует запрет на использование сертификата для приобретения доли жилого помещения в собственность лиц, уже в нем проживающих (имеющих права пользования).
Но, у Вас 3-комнатная квартира и уже сейчас 4 собственника, то есть доля Вашей сестры вряд ли способна быть отдельной целой комнатой. Поэтому, позиция ПФ относительно приобретения доли в этой квартире представляется правильной.