Как вернуть средства на счет, если операции осуществлялись без ведома руководителя организации?

Здравствуйте, Антон!  Денежные средства сразу здесь и сейчас не вернете, но попробовать нудно. Для начала уточните  бухгалтер распоряжался ключом от банк-клиента? Если да, то необходимо выяснить документальное наличие договоров займа. 

Уточните кто мог подписывать договоры, а также финансовые документы? 

Вы можете обратиться в полицию с заявлением о совершении хищения денежных средств (вопросы нужно задавать лицо, которое распоряжалось банк-клиентом) или обратиться  с претензией к той организации, которой перечислены денежные средства в связи с неосновательным обогащением, а в дальнейшем, при необходимость через суд взыскивать денежные средства. 

ГК РФ Статья 1102. Обязанность возвратить неосновательное обогащение

1. Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица (потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев, предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.
2. Правила, предусмотренные настоящей главой, применяются независимо от того, явилось ли неосновательное обогащение результатом поведения приобретателя имущества, самого потерпевшего, третьих лиц или произошло помимо их воли.

С уважением юрист Дмитрий.