Возможна ли переквалификация ст 159 ч 3 УК?

Прежде всего, речь может идти не о ст.159 УК РФ, а об этой вот статье:

УК РФ, Статья 159.2. Мошенничество при получении выплат
1. Мошенничество при получении выплат, то есть хищение денежных средств или иного имущества при получении пособий, компенсаций,субсидий и иных социальных выплат, установленных законами и иными нормативными правовыми актами, путем представления заведомо ложных и (или) недостоверных сведений, а равно путем умолчания о фактах, влекущих прекращение указанных выплат, — наказывается штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо обязательными работами на срок до трехсот шестидесяти часов, либо исправительными работами на срок до одного года, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до четырех месяцев.

Однако, с Ваших слов признаков мошенничества я лично не усматриваю, постольку, поскольку субсидия таки да использована для закупки производственного оборудования, связанного с деятельностью ИП, а не на иные нужды.

Илья Юрьевич, тут надо смотреть, а подпадает ли купленное оборудование под субсидию. Если не подпадает и подшаманили, то возможно состав и есть. Кроме того, 159.2 — социальные выплаты, сомневаюсь, что субсидия на покупку оборудования для ИП подпадает под социальные. В зависимости от того, что именно произошло в деталях, может быть или 159 или 159.2 или ничего. Но надо подробно знать обстоятельства дела.