На что арендатор направил встречный иск о признании договора недействительным

А чем это подтверждается? у Вас в договоре прям написано, что не собственник сдает?

Александр, напишите возражение на отзыв, вы можете ссылаться на ст. 166 ГК.
В соответствии с п. 2 ст. 166 ГК сторона, из поведения которой явствует ее воля сохранить силу сделки, не вправе оспаривать сделку по основанию, о котором эта сторона знала или должна была знать при проявлении ее воли.

Согласно п 5. ст. 166 ГК заявление о недействительности сделки не имеет правового значения, если ссылающееся на недействительность сделки лицо действует недобросовестно, в частности если его поведение после заключения сделки давало основание другим лицам полагаться на действительность сделки.
Таким образом, Арендатор демонстрирует свою недобросовестность, поскольку при заключении договора
знал о том, что арендодатель не является собственником квартиры и в то же время является близким родственником собственника, частично исполнял договор, а именно платил арендную плату, тем самым вводя в заблуждение арендодателя.