Мы на УСН 15% и закупать товар будем тоже без НДС, соответственно выделить мы его не имеем возможности, да и не хотим платить эти 20%, как нам составить протокол разногласий?

Здравствуйте, Максим.

Вам не нужно составлять протокол разногласий, а заказчик не обязан этот протокол разногласий учитывать. Даже если в контракте будет выделен НДС Вы не обязаны его платить, так как находитесь на УСН. Обязанность платить НДС для Вас может возникнуть только, если Вы выставите счет-фактуру с НДС. Но выставлять счет-фактуру с НДС Вы не обязаны, это Ваше право. Это подтверждается судебной практикой.

При этом заказчик обязан заплатить Вам всю цену товара.

Определение Судебной коллегии по экономическим спорам Верховного Суда РФ от 30.05.2019 N 305-ЭС19-391 по делу N А40-88142/2018

Указание предприятием в проекте контракта цены, включающей налог на добавленную стоимость, также не свидетельствует о нарушении прав участника закупки, поскольку не возлагает на участника закупки, применяющего упрощенную систему налогообложения, безусловной обязанности по исчислению и уплате налога на добавленную стоимость. В силу пункта 5 статьи 173 Налогового кодекса и правовой позиции, выраженной в постановлении Конституционного Суда Российской Федерации от 03.06.2014 N 17-П, такого рода обязанность может возникнуть лишь при выставлении налогоплательщиком по своей инициативе счета-фактуры с выделенной в нем суммой налога.

Поэтому, Вы можете заключить контракт с НДС, а после исполнения потребовать от заказчика полную стоимость оплаты. Но при этом не выставляйте счет-фактуру с НДС.